בעוד שבחברת נת"ע מדגישים כי פרויקט המטרו נמצא כבר בעיצומו ומהווה "עובדה מוגמרת", בכירי ענף הנדל"ן, נציגי השלטון המקומי ושמאים מזהירים מפני אי-ודאות תכנונית וכלכלית חריפה. אזהרות אלו, שעלולות לעכב משמעותית יזמים, בעלי קרקעות ורשויות מקומיות לאורך תוואי הפרויקט, נשמעו במסגרת פאנל "והרי התחזית: המטרו של ישראל", שנערך בכנס הנדל"ן השנתי של אתר "מגדילים". עו"ד רונית אלפר, מייסדת ובעלת משרד רונית אלפר שפתחה והנחתה את הפאנל, ציינה כי התוכניות אמנם "רצות קדימה", אך הדגישה כי במקביל לוודאות העקרונית של הפרויקט חייבת להיות ודאות תכנונית ברורה, וקראה לשינוי מנגנון הפיצויים הנוכחי.
מול החששות, המשנה למנכ"ל נת"ע, זוהר זולר, הציג תמונת מצב אופטימית והישגית. הוא עדכן כי שלב המיון המוקדם לפרויקט הסתיים בהצלחה עם 33 חברות בינלאומיות שהגישו מועמדות למכרזים. "יש עבודות בחולון, פתח תקווה וראשון לציון, טרקטורים שנמצאים בשטח ויש כסף גדול שמושקע. אנחנו עמוק בתוך הפרויקט והוא עובדה מוגמרת", הבהיר זולר, שחשף כי עבודות המנהור והתחנות צפויות להתחיל ב־2028, כאשר החלק הראשון של המטרו צפוי להיפתח בשנת 2037. "אני יודע שזה נשמע אופק רחוק, אבל זה יקרה. זו הלכה עשויה", הוסיף.
אולם, מול ההצהרות של נת"ע התייצבו היזמים עם ביקורת נוקבת. אסף סימון, מנכ"ל "בסט יזום", הבהיר כי למרות הקונצנזוס הברור סביב נחיצות המטרו כדי למנוע את קריסת מרכז המדינה, "האירוע לא מנוהל נכון". לדבריו, בעוד שיזמים מורגלים בניהול ותמחור סיכונים, הם אינם יכולים לתמחר אי-ודאות הקשורה ללוחות זמנים. "איזה יזם שפוי ישקיע מאות מיליונים בפרויקט שאנחנו לא יודעים מתי יקרה?", תהה סימון והוסיף בנחרצות: "כולנו מבינים שאין לזה דדליין – וזאת הצרה".
הביקורת הגיעה גם מצד השלטון המקומי והשמאים. ראש עיריית רעננה, חיים ברוידא, שהביע את תמיכתו בפרויקט, מתח ביקורת על מערכת קבלת ההחלטות והצביע על הנתק בין מוסדות התכנון הארציים לשטח. "המתכננים הארציים צריכים להבין שגם אנחנו קיימים. פה מתחילה הבעיה, בניתוק של הלבל הארצי מול המקומי", אמר ברוידא. "מי שיושב למעלה לא מבין יותר ממי שנמצא למטה. הוועדה המחוזית סופרת יחידות דיור, ומי שצריך לתת פתרונות בסוף זה אני – אני צריך לנהל עיר". השמאי ארז כהן הצביע על העיוות הכלכלי, לפיו גובה היטל ההשבחה מעקר את הכדאיות להיכנס לפרויקטים, וציין כי בעלי קרקעות נאלצים כבר היום להגיש תביעות רק כדי לשמור על זכויותיהם העתידיות, עוד בטרם אושרו התוכניות המפורטות.
חרף הביקורות, נציגות מוסדות התכנון והמדינה הציגו את החזון הממשלתי הרחב. יעל סלומון, סמנכ"לית תשתיות במינהל התכנון, הגדירה את המטרו כהזדמנות למהפכה אורבנית שבאמצעות תמ"א 70 מקדמת מעל 350 אלף יחידות דיור במרחבי התחנות, תוך שילוב שטחי ציבור ותעסוקה. עינב רינגלר, מנהלת אגף בכיר לתכנון ברשות מקרקעי ישראל, חיזקה את הדברים וציינה כי התכנון האורבני במתחמים כמו תעש השרון, צריפין ומפרץ חיפה מבוסס על הסתכלות תחבורתית משולבת. את התמונה השלימה עו"ד הדר מנצורי־דוד, יו"ר ועדת הערר במחוז תל אביב, שסיפרה כי ההשפעה מורגשת בשטח עם תביעות פיצויים שכבר הוגשו על הקו הראשון, ולצורך כך הוקמה ועדה ייעודית המטפלת בתביעות אלו, לצד מאמצי נת"ע להגיע להסכמות מחוץ לכותלי הוועדות.